Fiji ImageJ for Mac是一款 Mac上的专业的科研图像处理软件,这个名字其实就是:Fiji is just ImageJ 的首字母。今天和大家分享最新的 2.3.0 版本。Fiji和ImageJ1的区别就是:Fiji自动包含了各种有用的插件,而ImageJ1需要手动安装插件,Fiji易于安装,并具有自动更新功能,捆绑了许多插件,并提供全面的文档。在生物及医学图像分析中起着非常重要的作用!
Fiji是一个图像处理包——ImageJ2的“包含电池”发行版,捆绑了许多有助于科学图像分析的插件。
欢迎来到 ImageJ2!
ImageJ2 旨在扩展 ImageJ 的功能,使其超越 ImageJ 1.x 的限制,以支持下一代多维科学成像。
为了确保向后兼容性,我们将 ImageJ2 设计为完全集成到现有的 ImageJ 用户界面中。这使您可以继续以熟悉的方式使用 ImageJ,同时提供根据需要迁移到更强大的新功能的能力。
ImageJ 的 Fiji 发行版与 ImageJ2 的 beta 版本一起发布已经有一段时间了,因此您可能已经熟悉 ImageJ2 的一些功能——其中一些功能,例如 Updater 和 Launcher,最初是作为 Fiji 的一部分开发的。
ImageJ2 的特点
ImageJ2 提供了丰富的新特性和功能:
ImageJ 更新器使保持您的 ImageJ 保持最新状态变得简单,并通过启用其他更新站点来添加新插件。
通过 SCIFIO 库提供新的和增强的文件格式支持(见下文)。
更强大的脚本编辑器,支持多种脚本语言。
新命令:
插件 > 调试 > 转储堆栈,用于在挂起时进行调试)。
插件 > 调试 > 系统信息,用于报告已安装插件和库的版本。
使用 ImageJ2 的基于 ImgLib2 的 N 维数据结构(仍处于测试阶段)。
编写参数化命令和脚本:
类型化的输入和输出不依赖于 AWT 用户界面。
混合和匹配 ImageJ 1.x 和 ImageJ2 数据结构。
插件自动出现在菜单中,没有 plugins.config 文件。
在许多情况下可重复使用:KNIME、CellProfiler、OMERO、无头……
ImageJ2 不仅仅是一个应用程序
ImageJ2 也是建立在 SciJava 软件堆栈上的可重用软件库的集合,使用强大的插件框架来促进快速开发和无痛的用户定制。
以下软件组件库构成了 ImageJ2 的核心:
ImageJ Common – 使用 ImgLib2 的核心图像数据模型。
ImageJ OPS – 可重用图像处理算法的可扩展框架。
ImageJ Updater – 一种在 ImageJ 中更新单个插件和库的机制。
ImageJ Legacy – 提供与 ImageJ 1.x 的完全向后兼容性。
SciJava Common – 插件、模块和应用程序本身的核心框架。
使用 SCIFIO 库改进图像 I/O
ImageJ2 默认使用 SCIFIO 库(科学图像格式输入和输出)来处理大多数图像输入任务。您可以随时通过运行编辑 > 选项 > ImageJ2 并修改打开文件时使用 SCIFIO 选项来更改此行为。
使用 SCIFIO 的好处
SCIFIO 专注于对读取和写入图像文件格式的强大且可扩展的支持。将它与 ImageJ 一起使用提供了许多优点:
无需调用专门的 SCIFIO 插件;它适用于“文件”>“自动打开”等命令。
通过 `File > Import > Image…` 命令可以使用其他导入选项。
有一个用于 SCIFIO 的 Bio-Formats 插件,包含在 ImageJ 的斐济发行版中,它增加了对一百多种生命科学文件格式的自动支持。
其他 SCIFIO 文件格式插件可以放入 ImageJ 中,并且也将自动运行。
与 ImageJ 1.x TIFF 实现不同,SCIFIO 对 TIFF 的支持遵循规范,允许成功读取更多种类的 TIFF。
同样,SCIFIO 支持更多种类的 JPEG 文件,因为它使用自己的 JPEG 解码器。
SCIFIO 还支持多种 QuickTime 编解码器,即使在没有 QuickTime for Java 的情况下,ImageJ 也可以在 64 位模式下读取 QuickTime MOV 文件。
SCIFIO 支持许多开箱即用的其他打开文件格式:
动画 GIF
动画PNG
封装后记 (EPS)
JPEG-2000
微管理器数据集
多图像网络图形 (MNG)
近乎原始的栅格数据 (NRRD)
检查员 OBF
OME-TIFF(多维丰富元数据 TIFF)
OME-XML
PCX
PICT(即使在 64 位模式下和/或未安装 QuickTime for Java)
如果 SCIFIO 无法处理图像文件,它会退回到 ImageJ 1.x。
您可以使用 `File > Export > Image…` 命令保存为 SCIFIO 支持的文件格式。支持的导出格式包括:
APNG
AVI
每股收益
集成电路
JPEG
JPEG2000
快速时间
国际电影节
SCIFIO 的当前限制
SCIFIO 仍处于测试阶段,因此错误的发生率可能更高。可以在 SCIFIO 问题跟踪器上报告问题。
尽管我们力求完全向后兼容,但某些文件在打开时可能会略有不同。
使用 SCIFIO 打开文件还不能完全录制宏
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